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現代養殖實踐中都強調采用全進全出的飼養管理方式。經過一個飼養周期，畜舍均存在不同程度的病原體污染，為給下一個飼養周期營造清潔衛生的環境，必須進行徹底的消毒。其過程如下：
①騰空畜舍。將所有動物全部清轉，同時實施昆蟲（蚊、蠅、蜱、虱）、節肢動物及老鼠的 控制方案。
②清掃。對糞便、墊草、殘余草料、垃圾等加以清掃，并堆積于 一定地方，做生物熱消毒，如疑有可產生芽孢的 病原菌污染時，建議予以焚燒。
③清洗。包括浸泡、清洗和沖洗等方法，最好使用熱水。常在清洗的用水中加入清潔劑和其他的表面活性劑，以便充分發揮清冼的作用。
④整修。為保持畜舍的完整和密閉。做必要的修繕，如填補地面裂隙、修理門窗及舍內其他損壞的設備。
⑤化學消毒。因為不同病原體對不同消毒劑的敏感性不同，建議采用不同消毒劑做2～3次消毒。第一次消毒可用堿性消毒劑，1％～2%熱氫氧化鈉可噴霧消毒，l0％石灰乳可用來粉刷墻面、圈欄和地面；第二次消毒可用酚類、鹵素類、表面活性劑或氧化劑(如過氧乙酸)進行噴霧消毒。為提高消毒效果，美國農業部規定，噴霧壓力應為3.4～67.5kgf/cm2，藥液用量為1m2用稀釋藥液0.25～0.4L，噴霧消毒時，按消毒畜舍的順序先后部再前部，先頂部墻壁，再地面；第三次消毒可用福爾馬林熏蒸消毒。氧化法時，用福爾馬林42ml／m3，高錳酸鉀21g／m3，混合后即可產生高熱蒸發。加熱法時，用福爾馬林25ml／m3，加等量水后一起加熱蒸發。各次消毒間應有間隔，上次消毒后應沖洗、干燥后，再行下次消毒。
帶畜禽消毒的消毒劑應具有廣譜高效、低毒性和低腐蝕性、黏附性較強的特點。帶禽消毒，在高溫育雛和寒冬季節應注意稀釋用水的溫度及保溫措施，消毒劑最好每月輪換；雞群接種弱毒苗的前后2d，共計5d內停止噴霧消毒。
